C’est à la fin du XVII ème siècle en 1768, que le marquis D’ARCEMBAL fait creuser des bassins et édifier des digues pour créer les marais salants de l’île de MALPRAT (mauvais pré) et produire du sel (de mauvaise qualité d’ailleurs). La suppression de l’exonération de la taxe sur le sel par Louis XV mettra fin à cette exploitation en 1793. Plus tard au XIXème siècle, Ernest Valeton De BOISSIERE utilisa les installations de l’île pour développer la pisciculture intensive prospère pendant une centaine d’années.
A partir de 1950 le coût du poisson ainsi que les travaux d’entretien et de main-d’œuvre ayant fortement augmenté, la pisciculture va décliner et s’arrêter vers 1980. Seuls quelques chasseurs actionnaires assureront un bien maigre revenu aux dernières propriétaires du domaine : les marquises de MONEYS.
Sur cette île de 140 ha, 11 écluses régulent l’hydraulique des 19 bassins et « profonds » d’eau saumâtre du domaine. Ainsi les alevins de bars, muges et anguilles piégés au gré des marées grossissaient et étaient pêchés à l’âge adulte dans les « profonds ». Ceci au milieu d’un écosystème de 40 ha alimenté en eau douce par un puits artésien pour l’élevage de bovins sur les prairies et les « bosses » favorisant le développement de certaines espèces animales comme les amphibiens, les cistudes, visons d’Europe, anatidés etc…
En 1997, la dernière propriétaire mourut et depuis le 7 juillet 2001 le Conservatoire du Littoral en est le nouveau propriétaire ; celui-ci a confié la gestion de l’île de MALPRAT au Conseil Départemental de la Gironde et à la Commune de Biganos.
Depuis 2006, un garde du littoral rattaché aux services techniques de la Ville surveille l’écosystème de l’île, participe à son entretien régulier par des travaux d’aménagement et de réhabilitation mais surtout veille à la préservation de ce site rare et authentique.